深圳出入境边防检查机构成立于1950年7月1日，名称几经变更，分别是公安边防检查站、深圳边防检查站、深圳边防检查总站、深圳出入境边防检查总站。1949年10月17日，中国人民解放军和平解放深圳，成立了沙深宝军事管制委员会，由东江游击队担负边防检查和警戒任务；11月17日，成立了沙深宝公安局，边防检查和警戒任务由沙深宝公安局兼负。1950年7月1日，根据中央人民政府政务院总理周恩来批准的《关于建立边防组织草案》，成立了广东省人民政府公安厅边防局深圳检查站，隶属广东省公安厅边防局领导。

　　1952年7月28日，根据政务院颁布的《出入国境治安检查条例》，改称“中华人民共和国深圳边防检查站”，正团级建制。1994年1月30日，经公安部批准，升格为副师级建制，改称“中华人民共和国深圳边防检查总站”。1998年1月1日，经国务院批准，体制由现役制人民武装警察转为职业人民警察，更名为“中华人民共和国深圳出入境边防检查总站”，隶属公安部出入境管理局（第六局），副厅级建制.

　　深圳出入境边防检查总站机关设办公室、政治处、督察处、后勤处、业务处、技术处和培训中心。下辖罗湖、皇岗、蛇口、文锦渡、盐田、深圳机场、沙头角、笋岗等八个出入境边防检查站，人数达2000多人，是全国最大的出入境边防检查总站。

深圳出入境边防检查总站担负深圳罗湖口岸、皇岗口岸、蛇口港、文锦渡口岸、宝安国际机场、盐田港、沙头角口岸、笋岗列车编组站等各对外开放陆海空口岸的边防检查任务，主要是对出入境人员、证件的检查；对出入境交通运输工具（包括汽车、火车、船舶、飞机）的检查、监护和管理；对出入境人员携带行李物品和交通运输工具载运货物的检查；对出入境枪支弹药的检查与管理；对口岸限制区域的警戒和管理；打击偷引渡以及各种违法犯罪活动；对违反出入境管理法规人员实施行政处罚等。是全国唯一担负海、陆、空三类口岸边防检查任务的边防检查机关。